Verwechslungen vor allem mit der Hausratte möglich. Allein durch die Färbung sind die Arten nicht auseinander zu halten, da es sowohl schwarze Wanderratten als auch graubraune Hausratten gibt. Bei Wanderratten ist der Schwanz immer kürzer, als der Kopf und der Rumpf zusammen, die Schnauze wirkt stumpfer und der Kopf massiger. Die Ohren der Waderratte erreichen, wenn sie nach vorn gelegt werden, höchstens den hinteren Augenwinkelt, wohingegen die Ohren der Hausratte bis in die Mitte des Auges oder den vorderen Augenwinkel erreichen.