Verwechslungsgefahr besteht mit der Hausspitzmaus. Sie sind kaum zu unterscheiden, da sie ähnlich gefärbt sind und sich auch in der Größe überschneiden. Generell ist die Gartenspitzmaus aber kleiner. Allerdings überschneiden sich die Verbreitungsgebiete nur in Bayern und somit ist eine Verwechslung eher auszuschließen.