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Verwechslungsgefahr besteht mit der Zwergammer. Die Zwergammer ist, wie der Name schon sagt, klein im Vergleich zu den anderen Ammern, aber der Größenunterschied zur Rohrammer ist ohne direkten Vergleich nur wage ein Kennzeichen. Im Aussehen unterscheidet sich die Zwergammer von der Rohrammer durch einen deutlicheren weißlichen Augenring und bei ihr sind die Ohrendecken, die Zügel und der vorderer Augenstreif einheitlich warm rotbraun gefärbt, nicht wie bei der Rohrammer in verschiedenen Brauntönen. Weiterhin hat die Zwergammer auf den hinteren Ohrdecken meist einen schwarz umgrenzten hellen Fleck. Weder der Wangen- noch der Augenstreif erreichen hier den Schnabel. Die Zwergammer hat auch einen deutlicheren hellen, rostbraunen Scheitelstreif und dunkle Seitenscheitelstreifen. Die Flügelbinden der Zwergammer sind heller beigeweiß und die Beine stets rosa und nicht wie bei der Rohrammer rot-graubraun (SVENSSON et al. 1999).
Ebenfalls könnte man den Rohrammer mit dem Haussperling verwechseln, vor allem im Winter. Allerdings sind ihre Lebensräume so unterschiedlich, dass eine Verwechslung ausgeschlossen werden kann.
Die meisten Beobachtungen gelingen während der Paarungs- und Brutzeit, Winterbeobachtungen sind vergleichsweise selten.