Der Seggenrohrsänger kann leicht mit dem Schilfrohrsänger verwechselt werden. Während der Grundton des Seggenrohrsängers eher gelbocker ist, weist der Schilfrohrsänger einen olivbraunen Grundton auf. Bei auffliegenden Seggenrohrsängern kann man den wärmer gelbbraunen Bürzelbereich erkennen. Weiterhin hat der Seggenrohrsänger im Gegensatz zum Schilfrohrsänger zwei deutliche gelbbeige Streifen auf der Mantelseite und eine kräftigere schwarze Oberseitenstreifung. Beide Arten haben einen ausgeprägten hellen Überaugenstreif. Beim Schilfrohrsänger zeigt sich aber ein dunkler Zügel, der beim Seggenrohrsänger hell ist und den Augenstreif zum Schnabel hin verbreitert wirken lässt. Weiterhin unterscheidet sich der Seggenrohrsänger durch einen hellen Scheitelstreif, der i. d. R. beim Schilfrohrsänger nur angedeutet ist. Allerdings kann bei juvenilen Vögel der Scheitelstreif deutlicher ausgeprägt sein, so dass man immer mehrere Merkmale betrachten muss (SVENSSON et al. 1999).