Die Wochenstuben befinden sich hinter Wandverkleidungen aus Holz, Schiefer oder Eternit, in schmalen Öffnungen zwischen Giebel und Dachbalken, in Hohlräumen unter Flachdächern, hinter Fensterläden und in Rolllädenkästen. Was ihre Quartiere betrifft, ist die Zwergfledermaus sehr flexibel. Sie fühlt sich sowohl in einer Garage in einem Dorf sowie in einem Hochhaus in der Großstadt wohl.