Verwechslungen unterhalb der Bartfledermäuse sind möglich. Dazu gehören die Große Bartfledermaus, die Kleine Bartfledermaus und die Nymphenfledermaus.
DIe Große Bartfledermaus ist hell bräunlich gefärbt, zum Teil auch mit gelblichen Haarspitzen, das Gesicht hellbraun. Die Schnauze wirkt länger als bei der Nymphenfledermaus und der “Bart” ist nicht so stark ausgeprägt wie bei der Kleinen Bartfledermaus.
Die Kleine Bartfledermaus ist graubraun oder dunkelbraun gefärbt, mit gelblichen Haarspitzen und das Gesicht ist viel dunkler, als bei den anderen beiden Arten. Der “Bart” ist am ausgeprägtesten bei dieser Art und das Rückenfell wirkt oft glänzend. In ihrem Verhalten wirkt die Kleine Bartfledermaus viel zeternder und unruhiger als die beiden anderen Arten.
Die Nymphenfledermaus weist eine komplett hellbraune Färbung auf und ähneln im Alter der Wasserfledermaus. Die Schnauze wirkt im Profil sehr kurz und wird fast komplett von Haaren bedeckt, die Beine sind klein und ihr Rückenfell glänzt nie. Insgesamt eine sehr kleine und zart wirkende Art.