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Waldbaumläufer und Gartenbaumläufer können sehr leicht verwechselt werden. Die Arten lassen sich im Feld am besten anhand der Lautäußerungen unterscheiden. Der Lockruf des Waldbaumläufers besteht aus feinen und hohen Pfeiftönen “srri” oder “tiih”, die er in Abständen wiederholt. Der Gartenbaumläufer dagegen hat einen kräftigen Lockruf, “tüüt” oder “ti-tüüt”, der klar und durchdringend ist und oft mehrere Male mit zunehmender Frequenz wiederholt wird. Seinen Gesang bildet der Waldbaumläufer aus 2- 3 s andauernden abfallenden Strophen, die er oft mit einem Trillern beendet. Der Gesang des Gartenbaumläufers dagegen erklingt als kurze Pfeifstrophe mit etwas holprigem Rhythmus und steigt zum Schluss hin an. Allerdings können auch Mischsänger vorkommen. Die Art anhand der Gefiedermerkmale zu identifizieren ist bei diesen beiden Baumläufern nur bei sehr guten Beobachtungsbedingungen oder mit einem Foto möglich. Der Waldbaumläufer hat meist eine reiner weiße Unterseite und einen deutlicher ausgeprägten weißen Überaugenstreif als der Gartenbaumläufer. Die schwarze Flügelbinde zeigt beim Waldbaumläufer eine große Stufe und somit keinen gleichmäßigen Versatz, wohingegen beim Gartenbaumläufer das Bindenmuster i. d. R. in einem gleichmäßigen Versatz verläuft. Wo beim Waldbaumläufer die Handschwingen nur einen schmutzig weißen Spitzensaum bilden, kann man beim Gartenbaumläufer deutlich weiße Flecken erkennen. Weiterhin unterscheiden sich Länge des Schnabels und der Hinterzehenkralle, aber ohne viel Übung oder einen direkten Vergleich ist dieser Unterschied nur schwer einzuschätzen. Beim Waldbaumläufer ist der Schnabel relativ kurz und die Hinterzehenkralle dafür relativ lang, beim Gartenbaumläufer ist es umgekehrt (SVENSSON et al. 1999).
Der Waldbaumläufer kann in Rheinland- Pfalz ganzjährig beobachtet werden. Eine leichte Häufung der Meldungen ist im Frühjahr zu erkennen, was auf eine erhöhte Gesangsaktivität in dieser Zeit zurückgeführt werden kann. Der Melder wird dadurch in die Lage versetzt, die Art sicher zu bestimmen.